交通事故を起こした時に支払う罰金と反則金は何が違う？

これに対して、反則金とは、交通反則通告制度に基づくもので、刑事罰ではありません。
交通反則通告制度とは、軽微で定型的な交通違反については各違反の定型ごとに定められている反則金を支払えば、刑事事件として立件せずに刑事訴追も行わないとするものです。一方、反則金を支払わない場合には、刑事事件として立件され、刑事訴追の可能性があり、判決で有罪となれば罰金等の刑事罰が科されることになります。
このように、反則金とは、これを納付することにより刑事訴追を免れるという効果を発生させるもので、刑事罰とは異なります。

なお、交通反則通告制度の仕組みについて簡単に説明すると以下のとおりです。
警察官が反則行為（交通違反）を現認した場合、その現場で犯則者を取り調べた上、その場で犯則者に反則行為（交通違反）の事実や反則金額等について記入した交通反則通知書（いわゆる青キップ）を交付し、反則行為の告知が行われます。
その後、反則者に対して交通反則通告書が送付され、反則金の納付が通告されます。
そして、期間内に反則金を納付した場合には、その反則行為については刑事訴追等が行われないことになります。